Kesiswaan di MAN 20 Jakarta berperan dalam membina dan mengembangkan potensi peserta didik secara menyeluruh, baik dalam bidang akademik maupun non-akademik. Melalui berbagai kegiatan organisasi, ekstrakurikuler, pembinaan karakter, dan kepemimpinan, kesiswaan bertujuan membentuk siswa yang disiplin, bertanggung jawab, berakhlak mulia, serta memiliki jiwa kepemimpinan, kreativitas, dan kepedulian sosial sesuai dengan nilai-nilai madrasah.